Мыслить штаммами: в РФ разработали реактивы для определения видов коронавируса

Читать iz.ru в

Российским ученым удалось импортозаместить реактивы для определения штаммов коронавируса. В ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора разработали технологию, позволяющую использовать для анализа компоненты, которые производятся только в РФ, рассказали «Известиям» в институте. Кроме того, по новой методике можно выделить РНК вируса в том числе в образцах, которые были неверно взяты или повреждены при транспортировке. Технология позволит удешевить анализ и снизить нагрузку на лаборатории, полагают эксперты.

Без импортных ингредиентов

В ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора разработали методику, позволяющую с помощью отечественных реагентов подготовить образцы биоматериала пациентов с COVID-19 к секвенированию. Это процедура определения геномных последовательностей вируса — с ее помощью специалисты определяют, каким именно штаммом заразился человек.

Работа по секвенированию геномов коронавируса предполагает ряд этапов, отметил в беседе с «Известиями» руководитель научной группы разработки новых методов диагностики на основе технологий секвенирования ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора Камиль Хафизов. Сначала из взятых у пациента проб (мазков) выделяют РНК вируса. Затем нужна дополнительная подготовка, которая позволяет сделать материал «понятным» для специального прибора — секвенатора.

— Если выделение РНК проблем обычно не вызывает и в России есть собственные производители необходимых для этого этапа реагентов, в том числе и наш Институт эпидемиологии, то вся дальнейшая часть эксперимента обычно полностью построена на зарубежных реактивах, и довольно дорогостоящих, —подчеркнул специалист.

За основу отечественной разработки специалисты взяли набор реагентов ARTIC, созданный зарубежными исследователями, уточнил ученый. В ЦНИИ эпидемиологии модифицировали эту панель с учетом новых генетических вариантов коронавируса, включая «Омикрон», добавил Камиль Хафизов. При этом все необходимые реагенты производят в России, подчеркнул он.

Разработку уже используют в ЦНИИ эпидемиологии и других подразделениях Роспотребнадзора.

Поломанная РНК

Кроме того, ученые внесли в панель дополнительные изменения, за счет которых можно пропустить ряд подэтапов, требующих дорогих импортных ферментов. Себестоимость упрощенного решения в разы ниже, чем у коммерчески доступных аналогов, рассказали разработчики.

— Нововведение позволило существенно увеличить пропускную способность лаборатории и сократить время от момента забора материала до загрузки геномной информации на специализированный портал VGARus, сделав возможным эффективное отслеживание распространения вариантов вируса в стране, — заявил Камиль Хафизов в разговоре с «Известиями».

По его словам, сотрудники лабораторий часто сталкиваются с поврежденными образцами. Неверное хранение или транспортировка мазка ведут к фрагментации РНК, то есть ее поломке на кусочки.

— Это также было одной из причин разработки модифицированной праймерной системы, позволяющей работать с небольшими фрагментами РНК, чтобы увеличить количество копий фрагментов генома вируса в пробе, даже если образец уже в значительной степени был деградирован до его доставки в лабораторию, — рассказал Камиль Хафизов.

Секвенирование образцов проводится после первичного выявления РНК коронавируса, и к этому времени уже может проходить до нескольких суток с момента отбора пробы, что сказывается на ее сохранности и пригодности к исследованию, пояснила медицинский консультант онлайн-лаборатории Lab4U Екатерина Гергесова.

Создание отечественного набора реагентов — существенный шаг к импортозамещению, сказала эксперт «Известиям». По ее словам, разработка действительно позволит удешевить определенные этапы анализа, и это особенно актуально в условиях подорожания реагентов зарубежного производства.

— Мы очень зависим от иностранных реактивов, как раз сейчас работаем над этим — ищем поставщиков, кто заменит их, — подтвердил научный сотрудник кафедры иммунохимии Уральского федерального университета Михаил Болков.